歴史は１８７８年（明治１１年）にまで遡ります。
フランスより３人の修道女が着任し、女子教育と社会福祉の基礎を築きました。
白百合女子大学をはじめとする本学園の最初のページが、ここに記されたのです。
校章に掲げる「白百合」の花は
理想の女性である聖母マリアを表しています。
また聖女ジャンヌダルクが
祖国を救う旗印になった、
「勇気と希望のシンボル」でもあります。
本学園は、中学校・高等学校の普通教育を施し、キリスト教の精神に基づいて、正しい世界観と道徳的信念を養い、神のみ前に誠実に生き、人としての品性を重んじ、愛の心をもって人類社会に奉仕できる人間を育成しています。
函館白百合学園の歴史は、遠く1878年（明治11年）にまで遡ります。
開かれた港町として進取の気風あふれる函館に、フランスより３人の修道女が着任し、女子教育と社会福祉の基礎を築きました。
東京の白百合女子大学をはじめとする本学園の最初のページが、ここに記されたのです。
この年にはじめられた教育事業は、1886年函館市元町八幡坂に開校した聖保禄（せいほろ）女学校として認可されます。その後、元町高等女学校を経て、1951年（昭和26年）、現在の函館白百合学園高等学校となりました。
裁縫・手芸・編物などを教える小さな私塾から有数の進学校へ、函館の片隅から全国へ。
３人の修道女がまいた種は今、しっかり根付き、花を咲かせています。
| 1878年 （明治11年） |
5月28日フランス・シャルトル聖パウロ修道女会の三修道女来函。 元町に授産所・施病院・孤児院を開設し、教育事業をおこす。 |
| 1886年 （明治19年） |
1月1日聖保禄女学校開校。 |
| 1942年 （昭和17年） |
10月元町高等女学校と改称。 |
| 1951年 （昭和26年） |
函館白百合学園高等学校と改称。函館白百合中学校と改称。 |
| 1978年 （昭和53年） |
9月創立100周年記念式典。 |
| 1980年 （昭和55年） |
4月山の手新校舎へ移転。 |
| 1986年 （昭和61年） |
4月LBコース（特別進学コース）設置。 |
| 1988年 （昭和63年） |
2月聖堂・図書室・食堂など増改築落成。 |
| 1991年 （平成3年） |
4月SEコース（文系進学コース）設置。 |
| 1994年 （平成6年） |
暁の星ハウス落成。 |
| 1995年 （平成7年） |
ルルド落成。 |
| 1997年 （平成9年） |
4月函館白百合学園中学校再開。 |
| 1998年 （平成10年） |
普通コースをVSコース（総合コース）と改称。 |
| 2003年 （平成15年） |
創立125周年記念式典 |
| 2005年 （平成17年） |
VSコースを改変し、総合進学コースと看護医療系進学コースに。 |
| 2012年 （平成24年） |
3月SEコース（文系進学コース）廃止 |
| 2014年 （平成26年） |
マリア寮閉寮 |
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